Un écouvillon nasal fournit une alerte précoce sur les virus émergents
Comme l’a montré la pandémie de COVID-19, de nouveaux virus potentiellement dangereux peuvent commencer à se propager dans la population bien avant que le système mondial de surveillance de la santé publique ne puisse les détecter.
Une molécule du système immunitaire
Cependant, des chercheurs de Yale ont découvert que le fait de tester la présence d’une seule molécule du système immunitaire sur des écouvillons nasaux peut aider à détecter des virus furtifs non identifiés par les tests standard.
Pour cette nouvelle étude, Ellen Foxman et son équipe sont revenus sur une observation faite dans son laboratoire en 2017, dont ils pensaient qu’elle pourrait fournir un nouveau moyen de surveiller des agents pathogènes inattendus. Les écouvillons nasaux sont couramment prélevés sur des patients soupçonnés d’infections respiratoires et sont testés pour détecter les signatures spécifiques de 10 à 15 virus connus.
Cette molécule provient des voies nasales
La plupart des tests sont négatifs. Mais comme l’équipe de Foxman l’a observé en 2017, dans quelques cas, les écouvillons des personnes dont les tests étaient négatifs pour les virus « suspects habituels » présentaient tout de même des signes d’activation des défenses antivirales, indiquant la présence d’un virus. Le signe révélateur était un niveau élevé d’une seule protéine antivirale fabriquée par les cellules qui tapissent les voies nasales.
Sur la base de cette découverte, les chercheurs ont appliqué des méthodes de séquençage génétique complet à d’anciens échantillons contenant la protéine et, dans l’un d’eux, ils ont découvert un virus de la grippe inattendu, appelé grippe C.
Les chercheurs ont également utilisé cette même stratégie consistant à tester à nouveau d’anciens échantillons pour rechercher des cas manqués de COVID-19 au cours des deux premières semaines de mars 2020. Alors que des cas de ce virus avaient fait surface dans l’État de New York à peu près à la même époque, les tests n’ont été disponibles que plusieurs semaines plus tard.
L’équipe a trouvé des cas non diagnostiqués
Des centaines d’échantillons d’écouvillons nasaux prélevés sur des patients de l’hôpital de Yale-New Haven pendant cette période avaient été testés négatifs pour les virus de signature standard. Lorsqu’ils ont été testés pour le biomarqueur du système immunitaire, la grande majorité de ces échantillons n’ont montré aucune trace d’activité du système de défense antivirale. Mais quelques-uns l’ont fait ; parmi ceux-ci, l’équipe a trouvé quatre cas de COVID-19 qui n’avaient pas été diagnostiqués à l’époque.
Ces résultats révèlent que le dépistage d’une protéine antivirale fabriquée par l’organisme, même si les tests de dépistage de virus respiratoires connus sont négatifs, peut aider à identifier les écouvillons nasaux les plus susceptibles de contenir des virus inattendus.
Plus précisément, le dépistage du biomarqueur peut permettre aux chercheurs de réduire la recherche d’agents pathogènes inattendus, ce qui rend possible la surveillance des virus inattendus à l’aide d’écouvillons recueillis lors des soins de routine aux patients.
Identifier les agents pathogènes inattendus ou émergents
Les échantillons qui possèdent ce biomarqueur peuvent être analysés à l’aide de méthodes de test génétique plus complexes, afin d’identifier les agents pathogènes inattendus ou émergents qui circulent dans la population des patients et de déclencher une réaction de la communauté des soins de santé.
En résumé; les résultats de cette étude confirment que CXCL10 est un biomarqueur nasopharyngé robuste de l’infection respiratoire virale et soutiennent le dépistage basé sur la réponse de l’hôte suivi d’un séquençage métagénomique d’échantillons riches en CXCL10 comme approche pratique pour incorporer des échantillons cliniques dans les efforts de découverte et de surveillance des agents pathogènes.
Cette recherche a été publiée dans The Lancet Microbe.
Source : Yale University
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