Une méthode rapide pour mesurer le SARS-CoV-2 dans les eaux usées
L’épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE) s’est révélée être un excellent moyen de comprendre la propagation du SARS-CoV-2 dans les communautés. Une équipe de scientifiques de l’Université d’Hokkaido et de Shionogi & Co, Ltd. a mis au point une méthode simple, rapide et très sensible pour la détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. La méthode, EPISENS-S, ne nécessite pas d’équipement spécialisé.
Mesurer le SARS-CoV-2
La méthode qu’ils ont mise au point, EPISENS-S, consiste à centrifuger les échantillons d’eaux usées collectés afin de séparer tous les solides qu’ils contiennent. Les solides ont ensuite été traités avec un kit disponible dans le commerce pour extraire tout l’ARN ; l’ARN a ensuite été transcrit de manière inverse et amplifié pour obtenir une quantité substantielle de copies d’ADN.
Un ensemble séparé d’échantillons a été soumis à un traitement au polyéthylène glycol, suivi d’une extraction de l’ARN et d’une transcription inverse pour synthétiser l’ADN : c’est la méthode qui est actuellement largement appliquée au Japon. L’ADN obtenu par chacune de ces méthodes a été soumis à une PCR quantitative (qPCR).
Cette technique est 100 fois plus sensible
L’équipe a constaté que la méthode EPISENS-S est environ 100 fois plus sensible que la méthode au polyéthylène glycol. Ils ont utilisé EPISENS-S pour effectuer une analyse à long terme des eaux usées, provenant de deux stations d’épuration de la ville de Sapporo, et ont constaté qu’il existait une forte corrélation entre les changements dans les concentrations d’ARN dans les échantillons collectés, et les changements dans le nombre de cas signalés dans cette ville.
EPISENS-S peut également détecter et quantifier le Pepper mild mottle virus (PMMoV), qui est associé aux matières fécales et est utilisé comme contrôle interne.
Il pourrait suivre d’autres virus
EPISENS-S permet de suivre les cas de la COVID-19 qui sont asymptomatiques, ainsi que ceux qui n’ont pas été confirmés cliniquement. En outre, il présente un grand potentiel pour continuer à suivre la prévalence du SARS-CoV-2 à mesure que les taux de vaccination augmentent. Enfin, EPISENS-S pourrait également être adapté pour suivre d’autres maladies virales dont le nombre d’infections et la charge virale sont faibles.
Cette recherche a été publiée dans Science of The Total Environment.
Source : Hokkaido University
Crédit photo : Pixabay