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Un test simple et rapide identifie tous les variants du COVID-19

biothechnologie 01 avril 2022

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Une nouvelle étude a révélé que les tests de PCR en temps réel Novaplex SARS-CoV-2 Variant I, II et IV (de Seegene Technology) peuvent détecter de manière fiable le SARS-CoV-2 dans des échantillons de patients et identifier les variants connus d’intérêt et de préoccupation.

De très bons résultats 

Les résultats des tests PCR étaient comparables à ceux de la méthode de séquençage Sanger du gène de pointe « gold standard ». Les chercheurs ont également réussi à rationaliser ces tests et à réduire les coûts et les délais d’exécution en traitant des échantillons sans extraire l’ARN pour ces tests.

« La méthodologie PCR en temps réel (RT-PCR) pour la détection des variants est accessible, rapide, plus simple et précise par rapport au séquençage traditionnel », a déclaré le chercheur principal Ping Ren, du département de pathologie, à l’Université du Texas Medical Branch, Galveston, TX, USA. « La combinaison d’une méthode de traitement sans extraction avec la technologie RT-PCR peut aider les laboratoires ne disposant pas de capacités de séquençage à suivre les variants circulants et à étudier les effets dépendants des variants sur l’efficacité du traitement et la gravité de la maladie. »

Des tests conçus pour détecter les variants 

Les tests I, II et IV sont conçus pour détecter les mutations génétiques associées aux variants Alpha, Bêta, Delta et Epsilon du SARS-COV-2. Au moment de cette étude, le variant Omicron n’était pas encore apparu. L’ARN a été extrait de chaque échantillon pour être testé par les tests RT-PCR Novaplex et le séquençage Sanger. Les échantillons ont également été testés directement sans extraction d’ARN par les tests Novaplex.

Sur les 156 échantillons traités avec extraction de l’ARN, les tests RT-PCR ont identifié 109 variants. Ces résultats étaient en accord à 100% avec le test de séquençage Sanger. La méthode sans extraction d’ARN était 91,7 % aussi sensible que la méthode traditionnelle d’extraction d’ARN. Dans les échantillons présentant une charge virale plus faible, les tests RT-PCR sans extraction n’ont pas détecté certaines mutations, probablement en raison des concentrations d’acide nucléique plus faibles dans les échantillons d’origine.

Suivre la propagation des variants dans le cadre de la surveillance

« La détermination des variants du SARS-COV-2 dans les échantillons de patients individuels peut aider à orienter les traitements, car certains variants sont plus résistants aux régimes de traitement actuels », a observé le Dr Ren. « Cependant, l’impact potentiel va au-delà des patients individuels et s’étend au domaine de la santé publique. Il est important de suivre la propagation des variants dans le cadre de la surveillance de la santé publique, car la transmission, la gravité de cette maladie et les décisions de traitement dépendent souvent des variants. »

Cette recherche a été publiée dans The Journal of Molecular Diagnostics.

Source : Elsevier
Crédit photo : Pexels