Révéler les causes de maladies rares avec un nouvelle méthode
Il existe ce que nous appelons des maladies orphelines ou rares, dont les causes demeurent un mystère. C’est le cas par exemple de la fibromyalgie, de la myopathie de Duchenne, de la mucoviscidose, de la paralysie supranucléaire progressive, de la fibrodysplasie ossifiante progressive et plusieurs autres.
Une nouvelle méthode pour découvrir les causes de maladies rares
Mais des chercheurs ont peut-être trouvé un moyen de découvrir les causes de ces maladies. En effet, une équipe dirigée par un scientifique de la Scripps Research a inventé une nouvelle technique de génomique pour identifier les causes des maladies génétiques rares. cette technique utilise le fait que les gens héritent de deux copies ou « allèles » de pratiquement tous les gènes, un de la mère et un du père.
Cette nouvelle méthode compare les niveaux d’activité des allèles maternels et paternels sur l’ensemble du génome et détecte quand l’activité d’un allèle se situe suffisamment loin de la plage normale pour être une cause plausible d’une maladie. Les chercheurs ont démontré leur technique en l’utilisant pour révéler des gènes responsables de maladies chez des patients atteints de dystrophies musculaires rares.
« L’ajout de cette méthode à notre boîte à outils devrait nous permettre de détecter les causes des maladies génétiques rares dans certains des cas où les méthodes standard échouent », déclare Pejman Mohammadi, PhD, et premier auteur de l’étude. Mohammadi a commencé à travailler sur ce projet en tant qu’associé de recherche postdoctoral. Après avoir rejoint le Scripps Research en 2018, il a poursuivi ses recherches.
La recherche d’une meilleure façon d’identifier les maladies génétiques
L’équipe s’est concentrée sur la recherche d’une meilleure façon d’identifier les maladies génétiques rares qui apparaissent tôt dans la vie et qui peuvent être considérablement débilitantes ou même mettre la vie en danger. Les méthodes standard de séquençage des gènes et de leurs transcriptions – appliquées à la personne atteinte et aux membres de sa famille – peuvent généralement en révéler la cause, mais seulement si les mutations génétiques responsables de la maladie sont évidentes et entraînent l’absence ou la destruction grave de protéines.
« Même si vous aviez un jumeau identique, le fait que le jumeau ait mangé un hamburger ce matin et que vous ne l’ayez pas fait créerait des différences entre vous dans les niveaux d’activité de nombreux gènes « , dit Mohammadi.
Pour aider à déterminer si l’activité d’un allèle est vraiment anormale, cette méthode comprend un calcul, à partir des données de transcription de gènes accessibles au public, des différences normales et saines entre l’activité des allèles maternels et paternels pour chaque gène.
Cette méthode est appelée ANEVA-DOT
Cette méthode, appelée ANEVA-DOT (analyse de la variation de l’expression-test aberrante), peut être utilisée pour identifier une poignée de gènes chez chaque individu avec des niveaux d’expression apparemment anormaux dans un allèle.
« Il pourrait vous dire qu’il y a 10 ou 20 gènes dont les niveaux d’activité des allèles sont très éloignés, et vous pouvez ensuite faire un suivi pour déterminer lequel d’entre eux est à l’origine de la maladie, comparativement à d’autres méthodes, cela réduit considérablement le nombre de gènes que vous devez analyser de cette façon », dit Mohammadi.
Lui et ses collègues ont démontré la méthode ANEVA-DOT en l’appliquant à un groupe de patients atteints de maladies génétiques de type dystrophie musculaire. Ils ont détecté avec succès les gènes liés à cette maladie dans les cas où il y avait déjà un diagnostic et un déséquilibre majeur attendu dans l’activité des allèles.
ANEVA-DOT pour aider un hôpital pour enfants
Dans de nombreux cas non diagnostiqués, la technique ANEVA-DOT a permis de découvrir une courte liste de gènes plausibles liés à cette maladie et liés aux muscles. Dans un cas qui a été résolu au moment où les chercheurs ont soumis leur article, un gène suspect découvert par ANEVA-DOT a été confirmé comme étant le gène de la maladie.
Les scientifiques utilisent maintenant ANEVA-DOT pour aider un hôpital pour enfants de San Diego à diagnostiquer une maladie génétique chez les nouveau-nés.
Cette recherche a été publiée dans Science.
Source : The Scripps Research Institute
Crédit photo : Pixabay